L'Équipage du Chapeau de Paille a finalement atteint l'Île des Hommes-Poissons après l'ellipse de deux ans. Cependant, de nombreuses surprises attendent les Pirates du Chapeau de Paille alors qu'ils se dirigent à 10 000 mètres sous la mer. L'Île des Hommes-Poissons est la onzième île rencontrée par les Chapeaux de Paille pendant leur voyage sur Grand Line.
Les Chapeaux de Paille ont revêtit le Thousand Sunny et descendent dans les profondeurs de l’océan. Franky leur raconte au passage l'histoire du navire durant ces deux dernières années. Le navire a subi de nombreuses attaques de Pirates. C'est Duval ainsi que ses troupes qui ont défendu le navire au péril de leur vie. Mais un autre homme a également protégé le Sunny. Bartholomew Kuma, le responsable de la séparation des Chapeaux de paille, a été programmé avant de devenir un Pacifista complet. En effet, avant de devenir l'arme humaine du gouvernement, il demanda à Végapunk de lui implanter une mission à effectuer avant sa transformation complète. Son objectif était de défendre le Sunny jusqu’à ce que l'un des membres de L'Équipage du Chapeau de Paille revienne. La mission s'achève lorsque Franky retrouve le navire. L'équipage est donc redevable envers le grand corsaire qui les a sauvés d'une mort certaine lors de l'attaque des Pacifistas, de Kizaru et de Sentomaru.
La Descente
Caribou intercepte soudainement le Sunny, avec son navire tracté par Meuh-Meuh. Le monstre marin d'Arlong qui reconnait Luffy et s'enfuit, laissant Caribou seul avec les pirates aux Chapeau de Paille. L'homme marécage est alors enfermé dans un tonneau. Plus tard, les Chapeaux de Paille vont être confronté au Kraken, une créature vivant dans les fonds marins. Luffy, Sanji et Zoro sortent pour le combattre et les chapeaux de paille nous font une démonstration de leur maîtrise du Haki de l'Armement ainsi que de leurs techniques nouvellement apprises. Le Kraken est ensuite apprivoisé et gagne le nom de Surume. Puis le remous d'un nouveau courant sépare les trois Chapeaux de Paille. A la suite de ce remoud, le Sunny sera au fond de la mer. Il croise le chemin de Wadatsumi, un monstre naufrageur et celle d'un pirate nommé Vander Decken après que l'équipage est retrouvé Luffy, Zoro et Sanji. Les Chapeaux de Paille seront confronté à une éruption sous-marine. Heureusement, le Kraken portera le Sunny et se jettera dans une fosse sous-marine juste avant que le magma les atteint.
Ils atterrissent à 10 000 mètres de profondeur où la lumière du soleil arrive à percer. Soudain, des monstres marins surgissent et des hommes-poissons les accompagnants abordent les Chapeaux de Paille. Il s'agit de Hyouzou, Hammond et Kasagoba, membres de L'Équipage des Nouveaux Hommes-Poissons. Hammond demande à Luffy s'il veut rejoindre l'Equipage des Nouveaux Hommes-Poissons. Bien sûr, la réponse de Luffy est négative. Au moment où les monstres des mers allaient attaquer le Sunny, le navire effectue un coup de Burst jusqu'à l'Ile des Hommes-Poissons mais le revêtement est en train de s'effacer et le navire risque de tomber dans l'océan. Ils parviennent à attendre la première bulle de protection mais le revêtement cède et les Chapeau de Paille sombrent. A leur réveil, ils sont séparés : Luffy, Sanji, Chopper et Usopp ont atterri chez Camie qui travaille au café des sirènes. Plus tard, Luffy et les autres se retrouvent dans la Crique des Sirènes ou Sanji réalise enfin son rêve: voir des sirènes. C'est alors qu' Hammond revient avec sa demande à Luffy, celui-ci refuse une nouvelles-fois. Il active le Gear Second et bat facilement Hammond et les 2 autres. Pendant ce temps, les 3 frères de la famille Neptune font leur entrée et cherchent les pirates entrés illégalement sur l'île. Sanji se cache dans la poitrine d'une sirène et se met à saigner du nez abondamment. Les 3 princes repartent bredouilles mais Camie intercepte leur monture pour survoler l'île dans l'espoir de trouver des donneurs de sang pour Sanji. Apres avoir attendu, ils trouvent enfin des donneurs qui sont au grand dam de Sanji, deux travestis. Camie présente sa patronne Mme Shirley qui a le don de prédire l'avenir dans une boule de cristal. Celle-ci accorde une journée de congé à Camie pour qu'elle fasse visiter l'île à ses amis. Elle part rejoindre Pappug, son étoile de mer parlante qui sort du café des sirènes en compagnie de Brook et deux 2 sirènes. Pappug en profite pour faire visiter l'île à ses amis :les quartiers de Corail Hills, Beverly Fish etc... Ils passent notamment à côté de l'usine où sont fabriqués les bonbons pour Big Mom, l'un des 4 empereurs du Nouveau Monde. Ils remarquent également les affiches de recherche concernant un certain Vander Decken. Il s'agit d'un descendant d'une longue lignée de pirates, celui-ci est le 9ème du nom. Il est recherché car il envoie des lettres de menace à la princesse sirène car celle-ci refuse de l'épouser.
Au même moment, Mme Shirley regarde dans sa boule de cristal. Elle est prise d'une terrible vision : elle y voit Luffy détruire l'île des Hommes-Poissons. Pendant ce temps, dans le district des Hommes-Poissons, L'Équipage des Nouveaux Hommes-Poissons est rassemblé dans l'épave d'un navire titanesque : le Noah. Gyro, un pirate qui voulait se rendre dans le Nouveau Monde a été capturé par l’Équipage des Nouveaux Hommes-Poissons. Le pirate décide de prendre la fuite avec son équipage en direction de la surface. Icaros, un homme-calamar géant propose à son capitaine Hody Jones, un Homme-Poisson requin blanc, d'arrêter les pirates humains. Cependant, Hody décide de le faire lui-même. Il utilise des pilules appelées " poisséines" pour multiplier sa puissance par 10. Il coule sans problème le navire de Gyro qui sombre dans les fonds-marins. Hody jure qu'il va en finir avec le souverain de l’île des Hommes-Poissons, Neptune et qu'il fera des Hommes-Poissons une race supérieure à celle des humains. Pendant ce temps, devant le manoir de Pappug, le roi Neptune en personne apparaît avec sa baleine et un requin du nom de Megalo. Celui-ci vient chercher les pirates aux Chapeaux de Paille pour festoyer devant un banquet prévu en leur honneur car ils ont sauvé Megalo du kraken. Megalo est l'animal de compagnie de la princesse sirène, Shirahoshi. Pendant ce temps, des sirènes aperçoit un mystérieux tonneau sur la plage. Après qu'elles l'ai ouvert, Caribou surgit et les engloutie dans sa boue (Caribou a mangé le Fruit des Marais). Celui-ci veut en tirer une grande fortune en les revendant comme esclaves.
Au même moment au palais Ryugu (Palais du roi Neptune), Luffy en profite pour visiter le palais, il tombe devant une immense porte où des haches sont plantées dedans. Il ouvre la porte en pensant que le banquet est à l’intérieur. Il s'amuse à rebondir sur quelque chose de moelleux. Il s'agit en fait de la poitrine de la princesse Shirahoshi, qui se met à pleurer en le voyant. Lorsqu'elle apprend que c'est Luffy qui a sauvé Megalo du kraken, elle commence à apprécier le garçon au chapeau de paille, qui en profite pour manger le repas de la princesse. Elle lui raconte qu'elle est enfermée depuis 10 ans dans cette tour appelé la "tour coquille" à cause de Vander Decken IX qui la harcèle et lui envoie des haches grâce à son pouvoir dû à un Fruit du démon (le Fruit du ciblage). Ce dernier la harcèle car elle a refusé de l'épouser. Pendant ce temps, les autres membres de l'équipage sont appréhendés par les soldats de Neptune à cause de l’enlèvement des sirènes et de la prédiction de Shirley. Zoro qui avait été arrêté plus tôt s'évade et entame un duel contre Neptune, qui perd à cause d'un mal de dos dû à son âge. Tous les soldats sont vaincus et enchaînés, y compris les 2 ministres du roi Neptune. Au quartier de Noah, Vander Decken IX conclue une alliance avec Hody Jones pour faire tomber le royaume Ryugu. Au même moment au palais Ryugu, les 3 princes, Fukaboshi, Ryuboshi et Manboshi apprennent que leur père est pris en otage par les pirates au Chapeau de Paille. En échange, Zoro ordonne à Fukaboshi de rassembler le reste de l'équipage et de l'amener au palais Ryugu.
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Impacts de l'Histoire
La vérité sur l'histoire de Fisher Tiger est dévoilée
Jinbe refuse l'offre de Luffy pour rejoindre son équipage mais il propose à Luffy de rejoindre son équipage quand il aura fini quelques affaires qui l'attendent.
Madame Shirley a une vision de Luffy détruisant l’île des Hommes-Poissons.
L'Équipage des Pirates du Soleil 
L'Équipage des Nouveaux Hommes-Poissons 
Gouvernement Mondial